A criação da FAPESP foi autorizada pela Lei nº 5.918, de 18 de outubro de 1960, contudo a Fundação passou a funcionar efetivamente em 1962. Em 23 de maio daquele ano, o governador Carlos Alberto A. de Carvalho Pinto assinou o Decreto nº 40.132, que aprovou os Estatutos da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, elaborados no processo de organização conduzido pelo Conselho Superior pro tempore constituído em 1961. Os Estatutos estabeleceram a estrutura, as finalidades e as atribuições da instituição, consolidando sua organização e regulamentando suas atividades.
Ao longo de 1962, a FAPESP organizou sua estrutura administrativa e científica, instalou-se provisoriamente e formou seu primeiro quadro de pessoal. Paralelamente, iniciou a análise e concessão de auxílios e bolsas: até o final do ano, 507 projetos haviam sido examinados com o apoio de uma Assessoria Científica formada por especialistas de diferentes áreas. A Fundação também começou a organizar um cadastro de pesquisadores e instituições de pesquisa do Estado e a levantar informações sobre áreas que poderiam receber prioridade de fomento, estabelecendo as bases para sua atuação nos anos seguintes.